On définit la déontologie d'une profession comme l'ensemble des règles essentiellement éthiques auxquelles doivent se soumettre ceux qui l'exercent.
Le pendant du caractère libéral est : la compétence, la rigueur et la discipline. Les membres de ces professions ont préféré s'imposer à eux-mêmes et par eux-mêmes un ensemble de normes dites ordinales. Celles-ci sont regroupées dans des « codes déontologiques ». Ils évoluent en permanence, et les éléments qui les composent sont régulièrement amendés ou complétés en fonction de nouvelles exigences dictées par les consommateurs, ou encore en raison de la multiplicité et de la variété des conflits internes à ces professions.
L'Expert-comptable doit ainsi mener à bien sa mission en se conformant aux règles déontologiques dictées par la profession. C'est donc l'ordre des Experts-comptables qui édicte les trois consignes impératives de la profession : « Science, Conscience et Indépendance ».
Quand on traite de déontologie, la notion du secret est toujours présente. Ainsi les Experts-comptables ont-ils un devoir de discrétion quant aux informations qui sont portées à leur connaissance. Ils se doivent également de réunir des compétences professionnelles sanctionnées par des épreuves adaptées mais aussi de maintenir leurs aptitudes tout au long de leur exercice professionnel tant sur le plan juridique, comptable, fiscal que social. L'importance de ces règles se manifeste par la solennité d'une prestation de serment qui doit avoir lieu devant le conseil régional de l'Ordre et les impétrants doivent articuler distinctement ces mots : « Je jure d'exercer ma profession avec conscience et probité, de respecter et faire respecter les lois dans mes travaux ».
C'est pour garantir à leurs clients la qualité de leurs prestations que la déontologie de la profession impose aux Experts-Comptables de donner à chaque question examinée, tout le soin et le temps qu'elle requière et d'émettre, si besoin est, des réserves sur la valeur des hypothèses et des conclusions formulées. Dans le cas où des travaux sont confiés à des collaborateurs, l'Expert-comptable doit s'assurer de leur compétence et de l'application des règles à respecter dans le cadre de la mission qui leur est déléguée. Il n'y a pas de contrainte en matière d'honoraires.
En effet ceux-ci sont fixés librement par l'Expert-comptable, ils sont fonction de l'importance des prestations qu'il accomplit. En cas de conflit avec un client il peut être proposé aux parties que le différend soit tranché par arbitrage plutôt que de recourir aux voies judiciaires traditionnelles. C'est au président du conseil régional qu'échoit cette tâche. En cas de non respect des règles déontologiques l'Expert-comptable s'expose à des sanctions disciplinaires dont l'ultime pourrait-être sa radiation et corrélativement une impossibilité d'exercer.
Avant 2007 il était strictement interdit pour les Experts-comptables d'avoir recours à la publicité pour promouvoir leurs prestations. La parution du code déontologique de 2007 a bouleversé ce principe. Les Experts-comptables (et commissaires aux comptes) peuvent désormais faire de la publicité, que ce soit dans les journaux, magazines, radio, affichages... sous réserve de ne pas porter atteinte à l'honneur de la profession.
Cette évolution est conforme à la tendance européenne qui s'attache à promouvoir la concurrence. Cependant cette modification déontologique de la profession fait débat au sein de l'Ordre des Experts-comptables. Une ouverture timorée donc, mais ayant déjà été adoptée par bien des membres de la profession.